基于支持向量机的枯草杆菌启动子预测方法

启动子预测是研究基因转录调控的重要环节,但现有算法的预测正确率偏低．在深入分析启动子生物特征的基础上,提出了一种基于支持向量机的枯草杆菌启动子预测算法,在启动子序列的组成特征、信号特征和结构特征中选取9种典型特征作为预测的依据,对于信号特征,除了利用保守模式的一致序列,还考虑了间隔距离的分布信息．首先通过特征描述模型分别计算每种特征在启动子序列和非启动子序列中的得分,将特征得分组合成9维特征向量,再利用支持向量机在特征向量集上进行训练和判别．对实际数据集进行的刀切法测试验证了算法的有效性．对σ启动予的预测,平均正确率达到了90．7％;对几种其它σ因子启动子的预测,平均正确率也超过了80％．算法不但有广泛的适用性,还有良好的可扩展性,能够方便的容纳新特征,使识别性能不断提高．     

盐分增量法测定植被蒸散

采用“盐分增量法”测定了松嫩平原大安古河道试验站典型的羊草．星星草．碱地蒲公英群落分布区的植被蒸散量。结果表明,盐分增量法是一种测定植被蒸散量的新方法,可有效地测定植被蒸散量;植被日均蒸发量随植被盖度增加不断减少,日均蒸腾量随植被盖度增加逐渐增大,由于蒸腾量增加幅度大于同期蒸发量减少幅度,植被日均蒸散量随植被盖度增加而增大。     

粪便学在有蹄类动物数量调查研究中的应用与展望

随着与分子生物学的结合,传统的粪便学不仅拓宽了在种群生态学、行为生态学及保护遗传学等研究时取样的范围,而且能提供更多的有效信息,使得传统的粪便计数方法得以在新的领域里发展。本文对传统粪便学在有蹄类动物数量研究中的应用加以总结,并结合国内外研究现状对分子粪便学在这一领域内的可靠性、局限性及应用前景做了概述。     

Development and characterization of polymorphic microsatellite DNA loci for the endangered dusky gopher frog,Rana sevosa,and two closely related species,Rana capito and Rana areolata

A microsatellite library was developed using genomic DNA of the endangered dusky gopher frog, Rana sevosa. Polymerase chain reaction (PCR) primers and conditions are presented for R. sevosa (eight loci) and two sister taxa — other gopher frogs, Rana capito (seven loci) and crawfish frogs, Rana areolata (three loci). Polymorphism of each microsatellite locus was evaluated for each species. All loci have moderate to high genetic variation in terms of allelic richness (four to 10 alleles per locus), observed heterozygosity (0.595–0.946), and expected heterozygosity (0.531–0.856).     

脊椎动物线粒体DNA的基因重排

将GenBank上已公布的321种脊椎动物mtDNA全序列,按纲整理归类,绘制基因排布图并进行比对。比对结果表明：81个物种的mtDNA中观察到基因重排现象,涉及脊椎动物各纲,其中9个物种同时存在基因顺序变化和基因倒置现象,所有的基因重排都涉及tRNA的变化。脊椎动物mtDNA基因顺序变化可分为3类：1)邻接的基因或片段的位置交换;2)接近于控制序列或轻链起始位点的基因或片段的位置变化,有时还伴随着控制序列的倍增;3)I-Q-M区域的变化。所有鸟类、蛇类、鳄类和有袋类的mtDNA具有各自独特的基因排列顺序。基因倒置现象常见于鱼类和哺乳类,且多表现为tRNA从轻链往重链上迁移。本文就这些基因重排现象、发生重排的机制和mtDNA基因重排在系统发生研究中的应用做一简要概述。     

植物中超氧阴离子自由基测定方法的改进

通过对植物超氧阴离子自由基测定反应中动力学曲线的分析, 确定了最佳的反应介质、反应参数和羟胺浓度, 以三氯甲烷代替乙醚作为植物色素萃取试剂, 克服了植物超氧阴离子测定中存在的诸多问题, 提高了测定结果的准确性、重复性和可比性。     

How Nature Modulates Inherent Fluctuations for Biological Self-Organization – The Case of Membrane Fusion

Biological systems in nano-scale, due to the weak electrostatic interactions and structural connectivity therein, are flexible so that they undergo conformational transition subject to thermal fluctuations and external noises. In the presence of barriers, nature utilizes the fluctuations to give rise to self-organization, typically accompanied by conformational transitions. In two opposing membranes with like-charges, the cooperative coupling between the undulation and charge fluctuations give rise to a dynamic instability to spontaneous growth of the in-phase membrane undulation, and thus a great reduction of the energy barrier to fusion. The multivalent counter-ions, the Ca²⁺ for example, enhance the necessary charge density fluctuation leading to surface charge inversion and overcondensation.     

鼎突多刺蚁脑部组织切片方法初探及其脑部结构

膜翅目昆虫蚂蚁具有明显的多态现象,社会性生活中的分工亦非常明确。而作为蚁科中的鼎突多刺蚁还有着较高的药用保健价值。因此对其神经系统的研究有着重要的生物学意义。但蚂蚁脑部坚硬的外骨骼使得对其的组织学切片有一定难度。本试验即对鼎突多刺蚁的脑部组织切片方法进行了摸索和研究。     

微生物法生产对苯二甲酸进展

对苯二甲酸(terephthalic acid,TPA)是一种重要的有机工业化学品,广泛应用于聚酯、纤维、涂料、粘合剂和薄膜等行业的生产,目前主要采用对二甲苯的化学氧化法进行生产。本文综述了微生物法生产TPA的方法和国内外的生产现状以及研究进展。     

苛求芽孢杆菌基因组DNA提取方法的比较

目的:比较不同方法提取苛求芽孢杆菌基因组DNA的差异。方法:用经典CTAB提取法、改进CTAB法(溶菌酶处理结合CTAB提取法)、UniQ柱吸附提取法制备苛求芽孢杆菌基因组DNA,比较产物完整性和用于PCR扩增的有效性。结果:三种方法制备基因组DNA纯度接近,但改进CTAB法产率最高,UniQ法产率最低。经典CTAB法和UniQ法提取基因组DNA易降解。三种方法所得基因组DNA用于PCR扩增效率接近。结论:溶菌酶裂解结合CTAB提取更适合制备苛求芽孢杆菌基因组DNA。